สำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งมีฐานะเป็นนิติบุคคลและอยู่ภายใต้การบังคับบัญชา กำกับดูแลและรับผิดชอบของคณะกรรมการการเลือกตั้ง
กิจการของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง ไม่อยู่ภายใต้บังคับแห่งกฎหมายว่าด้วยการคุ้มครองแรงงาน กฎหมายว่าด้วยแรงงานสัมพันธ์ กฎหมายว่าด้วยการประกันสังคม และกฎหมายว่าด้วยเงินทดแทน แต่พนักงานและลูกจ้างของสำนักงานต้องได้รับประโยชน์ตอบแทนไม่น้อยกว่าท่ีกำหนดไว้ในกฎหมายว่าด้วยการคุ้มครองแรงงาน กฎหมายว่าด้วยแรงงานสัมพันธ์ กฎหมายว่าด้วยการประกันสังคม และกฎหมายว่าด้วยเงินทดแทน
สำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งเป็นหน่วยงานที่เป็นอิสระในการบริหารงานบุคคล การงบประมาณ และการดำเนินการอื่น ตามที่กฎหมายบัญญัติ
ตามบทบัญญัติพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยคณะกรรมการการเลือกตั้ง
กำหนดให้สำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งมีหน้าที่และอำนาจดังต่อไปนี้
1.รับผิดชอบงานธุรการของคณะกรรมการการเลือกตั้งและนายทะเบียนพรรคการเมือง ดำเนินการเพื่อให้คณะกรรมการการเลือกตั้งบรรลุภารกิจและหน้าที่ตามที่กำหนดไว้ในรัฐธรรมนูญ พระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยคณะกรรมการการเลือกตั้ง และกฎหมายอื่น อำนวยความสะดวก ช่วยเหลือ ส่งเสริม และสนับสนุนการปฏิบัติงานของคณะกรรมการการเลือกตั้ง กรรมการการเลือกตั้ง และผู้ตรวจการเลือกตั้ง
2.ดำเนินการเพื่อให้พรรคการเมือง เจ้าหน้าที่พรรคการเมือง และผู้สมัครรับเลือกตั้งมีความรู้ความเข้าใจหน้าที่ที่ต้องปฏิบัติให้ถูกต้องตามกฎหมาย กฎ ระเบียบ ข้อบังคับ คำสั่ง และมติของคณะกรรมการการเลือกตั้ง
3.รับเรื่องร้องเรียนเกี่ยวกับการปฏิบัติหน้าที่ของผู้มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวข้องกับการเลือกตั้ง การเลือกสมาชิกวุฒิสภา หรือการออกเสียงประชามติ ผู้มีอำนาจหน้าที่ดูแลรักษาความสงบเรียบร้อยในการเลือกตั้ง หรือการเลือกสมาชิกวุฒิสภา หรือเกี่ยวกับการกระทำที่ไม่ชอบด้วยกฎหมายเกี่ยวกับการเลือกตั้ง หรือเกี่ยวกับการทุจริต หรือประพฤติมิชอบในการเลือกตั้งของผู้สมัครรับเลือกตั้ง ผู้มีสิทธิเลือกตั้ง พรรคการเมือง หรือบุคคลอื่นใดเพื่อดำเนินการตามระเบียบที่คณะกรรมการการเลือกตั้งกำหนด
4.ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดหรือคณะกรรมการการเลือกตั้งมอบหมาย
สำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งอยู่ภายใต้การบังคับบัญชา การกำกับดูแลและรับผิดชอบของคณะกรรมการการเลือกตั้ง โดยมีเลขาธิการคณะกรรมการการเลือกตั้งเป็นผู้บังคับบัญชาพนักงานของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง และรับผิดชอบการปฏิบัติงานของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งขึ้นตรงต่อคณะกรรมการการเลือกตั้ง
โดยแบ่งโครงสร้างส่วนงานในสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง ดังนี้
1) ภารกิจงานบริหาร จัดแบ่งส่วนงานเป็น 5 สำนัก คือ
1. สำนักบริหารทั่วไป
2. สำนักบริหารทรัพยากรบุคคล
3. สำนักการคลัง
4. สำนักนโยบายและแผน
5.สำนักเทคโนโลยีสารสนเทศ
มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับกิจการทั่วไปของคณะกรรมการการเลือกตั้ง และสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง และกิจการที่คณะกรรมการการเลือกตั้ง และสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งมิได้กำหนดเป็นอำนาจหน้าที่ของด้านกิจการใดด้านกิจการหนึ่งโดยเฉพาะ รวมทั้งกำกับและเร่งรัดการปฏิบัติงานของหน่วยงานในสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งให้เป็นไปตามนโยบาย แนวทาง และแผนการปฏิบัติงานของคณะกรรมการการเลือกตั้ง และสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง อำนาจหน้าที่ดังกล่าวให้รวมถึงการเสนอและจัดทำนโยบายของคณะกรรมการการเลือกตั้งและสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง ให้สอดคล้องกับแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ แผนพัฒนาการเมือง และภารกิจตามกฎหมาย จัดทำแผนแม่บท ประสานแผนการปฏิบัติงาน เสนอแนะนโยบายในการตั้ง และการจัดสรรงบประมาณประจำปี ติดตามประเมินผลการปฏิบัติงานของหน่วยงานในสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง จัดทำรายงานผลการดำเนินการตามนโยบายและแผนของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง จัดทำรายงานผลการปฏิบัติงานประจำปี และข้อสังเกตของคณะกรรมการการเลือกตั้งประจำจังหวัด และหน่วยงานของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งในส่วนภูมิภาค และปฏิบัติการอื่นใดตามที่คณะกรรมการการเลือกตั้งและสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งมอบหมาย
2) ภารกิจงานสืบสวนสอบสวนและวินิจฉัย จัดแบ่งส่วนงานเป็น 6 สำนัก คือ
1. สำนักสืบสวนสอบสวนและวินิจฉัย 1
2. สำนักสืบสวนสอบสวนและวินิจฉัย 2
3. สำนักสืบสวนสอบสวนและวินิจฉัย 3
4. สำนักสืบสวนสอบสวนและวินิจฉัย 4
5. สำนักสืบสวนสอบสวนและวินิจฉัย 5
6. สำนักสนับสนุนงานสืบสวนสอบสวน
มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับการรับเรื่องร้องคัดค้านเกี่ยวกับการปฏิบัติหน้าที่ของผู้มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวข้องกับการเลือกตั้ง หรือการออกเสียงประชามติ ผู้มีอำนาจหน้าที่ดูแลรักษาความสงบเรียบร้อยในการเลือกตั้ง หรือเกี่ยวกับการกระทำที่ไม่ชอบด้วยกฎหมายเกี่ยวกับการเลือกตั้ง หรือเกี่ยวกับการทุจริตหรือประพฤติมิชอบในการเลือกตั้งของผู้สมัครรับเลือกตั้ง ผู้มีสิทธิเลือกตั้ง พรรคการเมือง หรือบุคคลอื่นใดทำการการสืบสวนสอบสวนเพื่อเสนอต่อคณะกรรมการการเลือกตั้ง พิจารณาวินิจฉัยชี้ขาดปัญหา ข้อโต้แย้ง ที่เกิดขึ้นเกี่ยวกับการปฏิบัติตามกฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรและการได้มาซึ่งสมาชิกวุฒิสภา กฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยพรรคการเมือง กฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการออกเสียงประชามติ และกฎหมายว่าด้วยการเลือกตั้งสมาชิกสภาท้องถิ่นหรือผู้บริหารท้องถิ่นของคณะกรรมการการเลือกตั้ง ประสานงานและสนับสนุนการปฏิบัติงานของคณะกรรมการการเลือกตั้งประจำจังหวัด และหน่วยงานของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งในส่วนภูมิภาค และปฏิบัติการอื่นใดตามที่คณะกรรมการการเลือกตั้งและสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งมอบหมาย
3) ภารกิจงานบริหารงานเลือกตั้ง จัดแบ่งส่วนงาน เป็น 3 สำนัก คือ
1. สำนักบริหารการเลือกตั้งและการออกเสียงประชามติ 1
2. สำนักบริหารการเลือกตั้งและการออกเสียงประชามติ 2
3. สำนักสนับสนุนการเลือกตั้งและการออกเสียงประชามติ
มีอำนาจหน้าที่ควบคุมและดำเนินการจัดหรือจัดให้มีการเลือกตั้งตามที่กฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรและการได้มาซึ่งสมาชิกวุฒิสภา กฎหมายว่าด้วยการเลือกตั้งสมาชิกสภาท้องถิ่นหรือผู้บริหารท้องถิ่น การออกเสียงประชามติตามพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการออกเสียงประชามติ รวมทั้งกฎหมายว่าด้วยการลงคะแนนเสียงเพื่อถอดถอนสมาชิกท้องถิ่นหรือผู้บริหารท้องถิ่น ให้เป็นไปโดยสุจริตและเที่ยงธรรม ประสานงานและสนับสนุนการปฏิบัติงานของคณะกรรมการการเลือกตั้งประจำจังหวัดและหน่วยงานของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งในส่วนภูมิภาค และปฏิบัติการอื่นใดตามที่คณะกรรมการการเลือกตั้งและสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งมอบหมาย
4) ภารกิจงานพรรคการเมือง จัดแบ่งส่วนงาน เป็น 2 สำนัก คือ
1. สำนักกิจการพรรคการเมือง
2. สำนักบริหารการสนับสนุนโดยรัฐ
มีอำนาจหน้าที่รับคำขอจดแจ้งจัดตั้งพรรคการเมือง ควบคุมตรวจสอบการดำเนินการของพรรคการเมือง และปฏิบัติงานให้เป็นไปตามกฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยพรรคการเมือง ปฏิบัติงานธุรการให้แก่นายทะเบียนพรรคการเมือง ศึกษาและรวบรวมข้อมูลต่างๆ ที่เกี่ยวกับงานของนายทะเบียนพรรคการเมือง ปฏิบัติงานสนับสนุนพรรคการเมืองโดยรัฐ พัฒนาพรรคการเมืองและการออกเสียงประชามติ ประสานงานและสนับสนุนการปฏิบัติงานของคณะกรรมการการเลือกตั้งประจำจังหวัด และหน่วยงานของสำนักงานในส่วนภูมิภาค และปฏิบัติการอื่นใดตามที่คณะกรรมการการเลือกตั้ง นายทะเบียนพรรคการเมือง และสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งมอบหมาย
5) ภารกิจงานการมีส่วนร่วม จัดแบ่งส่วนงานเป็น 2 สำนัก คือ
1. สำนักพัฒนาเครือข่ายการเลือกตั้ง
2. สำนักส่งเสริมความเป็นพลเมือง
มีอำนาจหน้าที่สนับสนุนส่งเสริมให้ประชาชน คณะบุคคล องค์การเอกชน และประชาคมจังหวัดเข้ามามีส่วนร่วมในกระบวนการเลือกตั้ง งานรับรองและสนับสนุนองค์การเอกชน งานดำเนินการเผยแพร่วิชาการ และให้ความรู้และการศึกษาแก่ประชาชน ประสานงานกับหน่วยราชการ ราชการบริหารส่วนท้องถิ่น รัฐวิสาหกิจ หรือหน่วยงานของรัฐ หรือสนับสนุนองค์การเอกชนในการให้การศึกษาแก่ประชาชนเกี่ยวกับการเลือกตั้ง และการปกครองระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ประสานงานและสนับสนุนการปฏิบัติงานของคณะกรรมการการเลือกตั้งประจำจังหวัด และหน่วยงานของสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งในส่วนภูมิภาค ปฏิบัติการอื่นใดตามที่คณะกรรมการการเลือกตั้ง และสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งมอบหมาย
6) สถาบันพัฒนาการเมืองและการเลือกตั้ง ประกอบด้วย 2 สำนัก คือ
1. สำนักวิจัยและวิชาการ
2. สำนักพัฒนาบุคลากร
มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
7) ส่วนงานอื่นๆ คือ
1. สำนักกฎหมายและคดี
2. สำนักการประชุม
3. สำนักประชาสัมพันธ์
4. สำนักเลขานุการคณะกรรมการการเลือกตั้ง
5. สำนักวินิจฉัยและคดี
6. สำนักผู้ตรวจการ
7. สำนักผู้ตรวจสอบภายใน
แผนผังโครงสร้างสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง คลิ๊กที่นี่