เลขาธิการคณะกรรมการการเลือกตั้งเป็นผู้บังคับบัญชาพนักงานและลูกจ้างของสำนักงานคณะกรรมการการการเลือกตั้ง และรับผิดชอบการปฏิบัติงานของสำนักงานขึ้นตรงต่อคณะกรรมการการการเลือกตั้ง
เลขาธิการคณะกรรมการการการเลือกตั้งมีหน้าที่และอำนาจควบคุมดูแลการปฏิบัติงานโดยทั่วไปของสำนักงาน ให้เป็นไปตามกฎหมาย ระเบียบ ประกาศ มติและคำสั่งของคณะกรรมการการการเลือกตั้ง และมีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้ด้วย
(1) บรรจุ แต่งตั้ง ถอดถอน เลื่อน ลดเงินเดือนหรือค่าจ้าง ลงโทษทางวินัยพนักงาน หรือลูกจ้างของสำนักงาน ตลอดจนให้พนักงานหรือลูกจ้างของสำนักงานออกจากตาแหน่ง ทั้งนี้ ตามระเบียบที่คณะกรรมการการการเลือกตั้งกำหนด
(2) วางระเบียบเกี่ยวกับการปฏิบัติงานของสำนักงานเท่าที่ไม่ขัดกับระเบียบหรือประกาศ หรือมติของคณะกรรมการการการเลือกตั้ง
(3) จัดทำและรักษาทะเบียนประวัติของพนักงานและลูกจ้าง
(4) ควบคุมการเกษียณอายุงานของพนักงานและลูกจ้าง
(5) หน้าที่และอำนาจตามที่กำหนดไว้ในกฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยคณะกรรมการการเลือกตั้งหรือกฎหมายอื่น และตามที่คณะกรรมการการการเลือกตั้งกำหนดการปฏิบัติหน้าที่และการใช้อำนาจตามกฎหมายอื่นให้คำนึงถึงระเบียบ ประกาศ และมติของคณะกรรมการด้วย
โดยมีรองเลขาธิการคณะกรรมการการการเลือกตั้งเป็นผู้บังคับบัญชาพนักงานและลูกจ้างและเป็นผู้ช่วยสั่งและปฏิบัติงานรองจากเลขาธิการคณะกรรมการการเลือกตั้ง โดยมีหน้าที่และอำนาจตามที่เลขาธิการคณะกรรมการการเลือกตั้งกำหนดหรือมอบหมาย
ทั้งนี้ วิธีการได้มา วาระการดำรงตาแหน่ง การพ้นจากตำแหน่งตามวาระ การพ้นจากตำแหน่งเพราะเหตุอื่น และหน้าที่และอำนาจของเลขาธิการคณะกรรมการการเลือกตั้ง ให้เป็นไปตามบทบัญญัติในกฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยคณะกรรมการการเลือกตั้งและกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
เลขาธิการคณะกรรมการการเลือกตั้ง
พ.ต.อ.จรุงวิทย์ ภุมมา
เลขาธิการคณะกรรมการการเลือกตั้ง
ดำรงตำแหน่ง 17 พ.ค. 2561 - ปัจจุบัน
ทำเนียบเลขาธิการคณะกรรมการการเลือกตั้ง
ร.ต.วิจิตร อยู่สุภาพ
อดีตเลขาธิการคณะกรรมการการเลือกตั้ง
ดำรงตำแหน่ง ระหว่าง 1 ธ.ค. 2541-30 พ.ย. 2546
พล.ต.ต.เอกชัย วารุณประภา
อดีตเลขาธิการคณะกรรมการการเลือกตั้ง
ดำรงตำแหน่ง ระหว่าง 5 ม.ค. 2547-20 ส.ค. 2549
นายสุทธิพล ทวีชัยการ
อดีตเลขาธิการคณะกรรมการการเลือกตั้ง
ดำรงตำแหน่ง ระหว่าง 15 พ.ย. 2549-18 ก.ย. 2554
นายภุชงค์ นุตราวงศ์
อดีตเลขาธิการคณะกรรมการการเลือกตั้ง
ดำรงตำแหน่ง ระหว่าง 13 มี.ค. 2555-8 ธ.ค. 2558
